כ- 17,000 מטופלים צפויים לעבור מדי שנה בחדרי הניתוח הממוגנים, שאובזרו באמצעים מיוחדים להפחתת זיהומים, במערכות מולטימדיה המאפשרות קבלת נתונים רפואיים בזמן אמת ובטכנולוגיות המתקדמות ביותר. חדרי הניתוח הגדולים והמרווחים צוידו במערכות המולטימדיה המתקדמות ביותר, שיאפשרו לרופאים לקבל בזמן אמת ובמהלך הניתוח את כל ההיסטוריה הרפואית של המטופל, לרבות בדיקות דימות שביצע בעבר. בנוסף, יאפשרו המערכות לשדר את הניתוח בזמן אמת, למטרות הוראה, למידה והתמחות, וזאת מתוקף היותו של בית החולים אוניברסיטאי ומסונף לאוניברסיטת בן-גוריון בנגב. הטכנולוגיות החדשניות בחדרי הניתוח יאפשרו יכולת ניתוחית ברמה הגבוהה ביותר, כל זאת תוך שמירה על בטיחותו של המטופל. הקירות המתועשים שנבנו בכל החדרים יאפשרו לשמור על סטרליזציה מירבית ויתרמו להפחתת הזיהומים.
בבית החולים יפעלו 8 חדרי ניתוח כלליים, בנוסף לשני חדרי ניתוח בהם יבוצעו ניתוחי עיניים ושני חדרי ניתוח הממוקמים במחלקת יולדות, בהם יבוצעו ניתוחים קיסריים. היקף הניתוחים השנתי צפוי לעמוד על כ- 17 אלף ניתוחים, בהם ניתוחים מתוכננים מראש וכן ניתוחי חירום. בבית החולים יבצעו את רוב סוגי הניתוחים, לרבות ניתוחים גדולים, ביניהם ניתוחים אורטופדיים, ניתוחים גינקולוגיים, ניתוחים אורולוגיים, ניתוחי ילדים, ניתוחי אף אוזן גרון, ניתוחי עיניים וכירורגיה כללית.
ביום שני התקיים הניתוח הראשון בבית החולים, שבוצע על ידי ד"ר אורי פרקש, מומחה באורטופדיה ובכירורגיה של היד. לדבריו, "גם אחרי 16 שנים של ניסיון בחדר הניתוח, אין ספק שמרגש להיות חלק ממאורע היסטורי שכזה. הניתוח הראשון, שהיה לי הכבוד להוביל, מהווה את נקודת השיא בתהליך מתמשך של הכנה מאומצת ועבודה משותפת של צוותי בית החולים, ואני גאה להיות חלק מכך".
אלכסנדר פרמיאקוב, תושב אשקלון, סבל מכאבים בידו במשך כשנה. לפני כשבועיים פגש את ד"ר פרקש במרפאות החוץ של בית החולים, שם הוחלט כי עליו לבצע ניתוח בכף ידו. לדבריו של אלכסנדר "שמעתי רבות על ד"ר פרקש, ולכן היה לי חשוב להגיע אליו ולבית החולים באשדוד. את התור לניתוח עצמו קיבלתי תוך שבועיים, והתהליך כולו מתנהל ביעילות, בנעימות ובמקצועיות רבה. תענוג להגיע לבית חולים כל כך גדול, חדש, נקי ומרשים, ואני סומך על ד"ר פרקש בעיניים עצומות".
פתיחת מערך חדרי הניתוח נעשית כחלק מתהליך פתיחתו ההדרגתית של בית החולים. בחודש יוני, נפתחו מרפאות החוץ, בהן מערך היועצים הבכיר של בית החולים מעניק ייעוץ רפואי למטופלים ובמידת הצורך הפניה לניתוח. באוקטובר צפויה להפתח מחלקת יולדות ובנובמבר יפתח חדר המיון, שיסמן את הפעלתו המלאה של בית החולים.